医疗中心（即浙江大学医学院附属第一医院余杭院区）定位为三级甲等综合性医院，建设用地202亩，总建筑面积306511平方米，设计床位数1200张、门诊量8000人次/日。
医疗中心定位为国家级医教研深度融合的临床研究型医院，医疗中心将借鉴国际经验确立以疾病为核心的多学科诊疗模式，打造五大专病中心，大力发展智慧医疗，致力于打造智能医院的全球标杆。

医疗中心的设计特色是将临床医疗与基础研究之间的转化结合，真正实现无缝连接，同时设有11个门诊模块，围绕器官、专科门诊组团，优化病人就医体验来组织，门诊按照疾病和脏器分布，设置心脏中心、消化中心等门诊中心。通过多科室的共同会诊，为病人做更全面的服务。中心内外区也做到严格分离，设置访客梯、医用梯、物品梯、污物梯，将门诊病人、访客与住院病人及医护人员的运动流线分离，保证院内水平及垂直交通畅通，从而保证就医、医疗服务、物流的效率。有效共享基础设施与资源，设置气动物流、轨道小车、AGV自动导航车等物流系统。通过先进的物流系统，在门诊诊室区域便可将血液、体液等标本传输至检验中心和病理中心，病人无需来往于诊室和集中抽血窗口而增加医院内人流压力，集中式检验和病理也节约了设备配置和医院的空间成本。通过物流系统运输，也可保证科室耗材每天的供应，节约各科室二级库房的面积配置，只需1-2天配置量的面积。